前身の商品陳列館は1951年の開設からしばらく、天然原料から新素材に至る原材料標本と、穀類・嗜好品・香辛料など貿易商品を収集した。大量の繊維標本は戦後経済復興が軽工業（繊維産業）中心に始まったことを示しており、合成樹脂や新建材の見本類は高度経済成長期の様相を色濃く映している。1950年代後半に陶磁器や漆器など地方物産品の収集が始まり、1970年代以降はその成果に立脚し、伝統的工芸品に収集対象をフォーカスしている。

1929年に設立された前身の刑事博物館は、設立当初は、法学研究において実物実見を重視する立場から、日本の江戸時代や明治初期の刑具・拷具、行刑関係の古文書を収集していました。戦後は、刑罰具の収集から離れ、法律を生み出す社会そのものを広く見据えて、江戸時代や明治時代の古文書を収集するようになります。幅広い性格をもつ収蔵品の中から、ここでは常設展示室で展示されている資料、錦絵や絵図などの絵画資料を中心に公開をしています。

1952年の考古学陳列館を前身とする考古部門は、1949年設立の考古学専攻が国内で発掘調査した旧石器時代から古墳時代にかけての考古資料のほか、学生教育と研究を目的に収集した国内・海外の購入・寄贈資料等、あわせて約23万点を収蔵しています。日本列島での旧石器時代の存在を初めて証明した群馬県岩宿遺跡出土石器など国指定重要文化財5件（うち1点は寄託）、約1万点にのぼる前場幸治瓦コレクションも含まれており、国内でも屈指の学術的価値をもつ資料群です。